La historia de la Eva negra mitocondrial surgió en 1987 cuando, partiendo de la teoría evolutiva de repoblación del mundo por el Homo sapiens desde África, Rebecca Cann y Mark Stoneking estudiaron 147 genomas (145 de placenta y 2 líneas celulares de mujeres) presentes en las mitocondrias y procedentes de 5 orígenes geográficos diferentes.